Najczęściej zapalenie zatok rozwija się w następstwie wi­rusowej infekcji górnych dróg oddechowych, czyli przezię­bienia. Jest jednym z jego najczęstszych powikłań.

Prze­szkodą uniemożliwiającą oczyszczanie zatok staje się obrzmiała błona śluzowa. Jej obrzęk bywa też spowodowa­ny alergią, dokładniej alergicz­nym nieżytem nosa: katarem, który może nękać alergików sezonowo lub przez okrągły rok.

Czasem winna jest skrzy­wiona przegroda nosowa. Nawet jeśli na co dzień nie powoduje ona uciążliwych dole­gliwości, w momencie infekcji staje się poważnym utrudnie­niem w usuwaniu zalegającej wydzieliny. Zdarza się, choć rzadko, że zapalenie zatok roz­poczyna się od stanu zapalnego korzeni zębów.